Revelación totalVuelve a escena el Departamento de Investigaciones Especiales (Preguntas y Respuestas) y consigue hacerse con el cubo de Rambaldi pasando por encima de la CIA. Sydney está frustrada de que tras tanto esfuerzo por hallar esta pieza clave en su lucha personal por recuperar sus recuerdos, ahora se le escape con facilidad y le pregunta a Marshall si sabe algo. Marshall le dice que no pero que le hubiera gustado poner un trazador al cubo..."bueno, en realidad lo he hecho", responde a continuación.
Así que Syd y Jack se ponen a trabajar en un plan para acceder a la información. En casa, Syd escucha ruidos y coge un arma para hallar su origen pero alguien le dispara un dardo que le deja inconsciente. Tiempo después se despierta en un avión en pleno vuelo para descubrir que su compañero de cabina es...¡Kendall! (Preguntas y Respuestas et al.). Este le confiesa que pertenece al DIE y que alguien les ha robado el cubo. No sólo eso, sino que él guarda el secreto que Sydney ansía. Kendall sabe lo que le ha pasado en estos dos años a Sydney.
Atentos. Rebobinamos dos años.
Tras la pelea a muerte con Allison (La Revelación), Sydney despertó atada en una camilla junto a un hombre (Oleg Mavejik) que le explica cómo falseron su muerte y la de Francie y que ahora es su prisionera. De hecho, para hacer las cosas más sádicas, Sydney se encuentra en una furgoneta situada estratégicamente junto al lugar donde su padre y amigos están arrojando sus cenizas al mar, despidiéndose para siempre de ella. Maveijik le explica que ahora tendrá que olvidarse de Sydney Bristow, ya que ha muerto, y que ahora se convenza que su nombre es Julia Thorne (Una Relación Perdida et al.). Cuanto antes se haga a esta idea, más fácil le será su "nueva vida".
La Coalición (Los Dos et al.), pues, comienza un programa de lavado de cerebro con Sydney al que ésta se resiste con todas sus fuerzas. Pasan las semanas y el programa, consistente en electroshocks, juegos psicológicos, condicionantes y drogas, no tiene éxito puesto que Syd se aferra a su verdadera vida, con la esperanza de que un día pudiera recuperarla. Tras unos meses, el condicionamiento parece funcionar así que Sydney, ahora Julia, es presentada ante algunos altos cargos de la Coalición y asesina a sangre fría a un hombre para probar que su conversión ha tenido éxito.
Pero, como Kendall le explica, en realidad no llegó a tener éxito debido a unas directrices que Jack incorporó al Proyecto Navidad que usó con Syd, sino que Sydney finalmente dedudjo que su única posibilidad de escapar de todo aquello era hacer ver que ahora era Julia, ganando más libertad y ampliando sus posibilidades de contactar con el mundo exterior. Y eso hizo: contacto con Kendall en cuanto tuvo la mínima oportunidad.
Lo primero que quiere Sydney es contactar con Jack y Vaughn pero Kendall se lo prohíbe debido a la misión actual de Jack y ante el hecho de que Sydney podría poner en peligro su plan si contacta con alguien más de la CIA. La cosa se complica más cuando Sydney observa a Vaughn en la distancia y ve que ha rehecho su vida junto a Lauren (Sucesión et al.). Convencida, llama a Kendall para proponerle trabajar de nuevo como doble agente: Sydney Bristow para Kendall y Julia Thorne para la Coalición.
Kendall continúa añadiendo piezas al rompecabezas, confesando que siempre trabajo para el DIE, nunca para el FBI, y que tanto ellos como la Coalición creen que Sydney es la mujer de la profecía de la página 47 (La Profecía).
La Coalición envía a Julia y Simon Walker para recuperar el cubo de Rambaldi, que se encuentra en poder de Lazarey. Sydney habla con Lazarey y ambos acuerdan fingir su muerte (Los Dos et al.) a cambio de que Lazarey trabaje con la CIA. Ambos viajan hasta África, donde descubren que se encuentra el cubo, y tratan de extraerlo pero en el proceso, Lazarey pierde la mano (Consciencia), que Sydney ha de cortar para salvarle la vida.
Con el cubo y Lazarey en poder del gobierno, Sydney debía entregar el material a Kendall pero en vez de eso, Sydney envió un vídeo de sí misma. Un mensaje para Kendall. En él le dice que el cubo (que contiene ADN del mismísimo Rambaldi) le parece algo realmente importante como para dejarlos en manos de cualquier gobierno o grupo terrorista, así que va a ocultarlo ella misma y, tras eso, borrar los recuerdos de los pasados dos años, para evitar que nadie pueda extraerlos a la fuerza. Dos días después de la obtención del vídeo, Sydney apareció en Hong Kong (La Revelación).
La revelación no acaba ahí, sino que Kendall informa Sydney de que la Coalición tiene el ADN de Rambaldi y van a precipitar el regreso de Rambaldi a través de su ADN. Pero para tal cosa necesitan una madre, denominada "la elegida", ¿y qué mejor madre que la mujer de la Profecía?. Efectivamente, la cicatriz de Sydney corresponde a una extracción quirúrgica de sus óvulos.
Y más revelaciones: Dixon sabía todo lo relacionado con Syd debido a que se encontraba con Kendall cuando recibió su primera llamada. También ha tenido que evitar revelar la verdad a su amiga. El destino los ha hecho empatar a uno.
Aún con muchas preguntas en su cabeza, Sydney decide impedir la fertilización de sus óvulos, si es que aún hay tiempo, de modo que gracias al trazador de Marshall, se dirige junto a un equipo de la CIA a la destrucción del laboratorio, cosa que logra sin problemas.
Del laboratorio también rescatan a Lazarey, que sigue vivo. Sark, por otro lado, hace unas llamadas para evitar que Lazarey consiga recuperarse. En la ambulancia, Lazarey le pregunta a Sydney que qué sabe sobre "el pasajero". Sydney no sabe nada y no parece que vaya a obtener la respuesta pronto puesto que al sacar a Lazarey de la ambulancia, un francotirador dispara sobre el ruso, matándole. El tirador no es otro que Lauren.
