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Estamos en un futuro lejano, hace mucho que la Humanidad abandonó la Tierra y vive en el espacio. Shion Uzuki, un miembro de élite de Vector, se ve arrastrado a una lucha por la búsqueda de una misteriosa fuente de energía, debido a un ataque a su nave por parte de los Gnosis. Los Gnosis son una raza alienígena de la que apenas se sabe nada, aparte de que tienen forma fantasmagórica. Aunque, por suerte, Shion no tendrá que enfrentarse sólo a todo esto. Le acompañarán su creación, KOS-MOS, el exterminador de Gnosis definitivo; MOMO, una Realian observadora con la forma de una niña pequeña; Ziggy, un humano que decidió continuar su vida en forma robótica; CHAOS, un chico joven y misterioso capaz de destruir a los Gnosis; y JR, un miembro de la 'Fundación Kukai', que se encargará de la salud de Shion durante el viaje.